二、全盛时期。明嘉靖至清末（1522~1911），新安医学进入了全面发展的时期。这时候医学名家大量涌现,纷纷著书立说。从嘉靖至清末（1522~1911年），即有名医137人，有45人撰写了96部医学著作。祁门汪机以毕生精力研究医学，写出了《石山医案》、《续素问钞》、《医学原理》、《外科理例》、《针灸问对》等著作13部76卷、歙县江颧编成了我国第一部《民医类案》12卷，吴昆之老师徐午亭撰写了《诸症析疑》、《余午亭医案》。此外还有：休宁方广的《丹溪心法附余》二十四卷（1536），祁门汪宦的《医学质疑》，陈家谟的《本草蒙筌》，徐春圃的《古今医统大全》100卷（1566），休宁孙一奎的《医旨绪余》、《赤水玄珠》、《孙文垣医案》，歙县方有执的《伤寒论条辨》8卷（1589），吴琨的《素问吴注》24卷（1594）和《脉语》、《医篡》、《医方考》，以及婺源江时途的《医学原理》30卷、《丹溪发明》5卷等。大量的医学著作问世，使新安医学为之一振。
　　从清代来看（1644~1911年），新安医家进一步开展了学术争鸣。在这268年中，涌现出名医281人，有136人撰写了239部医学著作。著名的医家有程敬通、程应乐旌、郑重光、程云来、汪昂、程国彭、郑海涧、程杏轩、汪钹、许豫和等人。许多医学著作在全国都有一定影响，其内容有医学经典的注释，理论的发挥，诊断、方药、运气等方面的学说，而且内、外、妇、儿、伤、后、眼、针灸、推拿等各科，无不具备，在新安医学史上出现了一个光辉灿烂的时期。
汪机、吴谦分别被誉为明、清四大医学之一。徐春圃的《古今医统大全》、程杏轩的《医述》等，已被列为中国十大古代医著。
　　汪机提出“调补气血，固本培元”的医学思想，开创了新安医学的“培元派”先河。方有执认为张仲景《伤寒论》垂世远久，当有错简，竭20余年之精力，寻求端绪，撰成《伤寒论条辨》，称为“错简派”之组。喉科名医郑梅涧父子用养阴清润之法，治疗白喉，开创了喉科医学史上的“养阴清润派”。徐春浦发起组织的“宅人医会”，是中国最早的医学学术团体。这些成就在新安医学乃至整个中医学的继承和发展中，都起了很大作用。
　　新安医学专科齐全，世代相传，形成很多的“家族链”，至今不息。如始于南宋的“医博”黄孝通的“黄氏妇科”，至今已有二十五世，代不乏人，延续至今的还有明代余午亭和吴正伦创办的“内科”，清代王雪健创始的《新安王氏医学》、郑于丰、郑于蕃创始的“南园喉科”、“西园喉科”等。这些专科，内容丰富，经验独特，在中医学发展史上具有重要地位。随着新安医著的外传，还对日本、朝鲜及东南亚各国的医学发展发挥了积极作用。 　　

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